Esteve à frente de importantes orquestras no Brasil e no exterior, dentre elas as sinfônicas dos estados de São Paulo, Minas Gerais, Paraná, Rio Grande do Norte e Paraíba; Petrobras Sinfônica; sinfônicas de Campinas, Recife, da USP e da Unicamp; Orquestra de Câmara da Osesp, Experimental de Repertório; filarmônicas Boshulav Martinu na República Tcheca, Kharkov na Ucrânia, de Buenos Aires, da Universidade Nacional do México e também a orquestra da American Academy of Conducting, em Aspen.

Entre 2000 e 2002, foi o principal regente convidado da Camerata Fukuda e regente assistente da Orquestra Sinfônica de Santo André. Em 2005, foi o principal regente da Orquestra Sinfônica de Ribeirão Preto.

Vencedor do I Concurso Nacional Eleazar de Carvalho para Jovens Regentes e do I Prêmio Camargo Guarnieri, participou em 2005 do Aspen Music Festival, tendo aulas com Sir Neville Marriner, Leonard Slatkin e David Zinman. Foi bolsista do Festival Internacional de Inverno de Campos do Jordão nas classes dos Maestros Kurt Masur e Roberto Minczuk. Além destes, recebeu orientações de Charles Dutoit e Alain Hazendilne, dentre outros.

Formado pela UNESP em 1998, concluiu o Mestrado em Regência Orquestral pela Universidade de Massachusetts em 2004, com o apoio da Fundação Vitae.

Marcos Arakaki acaba de gravar juntamente com a OSB a trilha sonora para o filme Nosso Lar, composta por Philip Glass.